Управата е одговорна за превенција на користењето на финансискиот систем за целите на перење пари, како и за превенција на истиот за целите на финансирање на тероризам.
Успешното детектирање на перењето пари и финансирањето на тероризмот, анализата на сомнителните случаи и нивно проследување до надлежните истражни органи е основната мисија на Управата.